Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SESN1-201ENST00000302071 2718 ntTSL 1 (best) BASIC5□□□□□ -1.618e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 MTCH2-205ENST00000534074 811 ntTSL 24.79□□□□□ -1.648e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 DEPDC1-202ENST00000456315 5331 ntTSL 1 (best) BASIC4.78□□□□□ -1.648e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 PRKAR2B-202ENST00000393613 642 ntTSL 34.77□□□□□ -1.658e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 LCP2-209ENST00000523369 512 ntTSL 54.27□□□□□ -1.738e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 GSTO1-203ENST00000432659 592 ntTSL 23.63□□□□□ -1.838e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 DEPDC1-204ENST00000489862 1613 ntTSL 1 (best)2.81□□□□□ -1.968e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 DEPDC1-203ENST00000488146 2658 ntTSL 22.65□□□□□ -1.998e-9■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 NSUN5P2-202ENST00000444583 1180 ntTSL 1 (best)17.89■□□□□ 0.452e-7■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC16.21■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.142e-7■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.12e-7■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 NSUN5P2-204ENST00000485741 1647 ntTSL 1 (best)15.41■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 FAM193B-209ENST00000507212 717 ntTSL 215.96■□□□□ 0.151e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 FAM193B-215ENST00000513282 651 ntTSL 313.46□□□□□ -0.251e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 AP2M1-211ENST00000460862 551 ntTSL 418.44■□□□□ 0.547e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 AP2M1-204ENST00000427072 557 ntTSL 418.15■□□□□ 0.57e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 AP2M1-214ENST00000466598 684 ntTSL 218.15■□□□□ 0.57e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 AP2M1-210ENST00000455925 545 ntTSL 413.12□□□□□ -0.317e-8■■■■■ 39.1
SF3B4Q15427 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.088e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.318e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZC3HAV1-201ENST00000242351 7100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.528e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 EP400NL-209ENST00000488030 1366 ntTSL 215.92■□□□□ 0.143e-11■■■■■ 39
SF3B4Q15427 EP400NL-206ENST00000446190 3697 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.133e-11■■■■■ 39
SF3B4Q15427 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.644e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.014e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 AGAP3-225ENST00000498559 581 ntTSL 216.38■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 39
SF3B4Q15427 HNRNPU-221ENST00000639824 1450 ntTSL 510.12□□□□□ -0.795e-13■■■■■ 39
SF3B4Q15427 FAU-206ENST00000529259 1125 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.72e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-202ENST00000382871 5051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.93□□□□□ -1.32e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-210ENST00000610343 10200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.372e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-205ENST00000382883 5445 ntTSL 54.22□□□□□ -1.732e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-206ENST00000468677 477 ntTSL 53.68□□□□□ -1.822e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-203ENST00000382874 10139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.93□□□□□ -1.942e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ZMYM2-201ENST00000382870 3456 ntTSL 1 (best)2□□□□□ -2.092e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 PSMD6-205ENST00000475036 1045 ntTSL 315.83■□□□□ 0.124e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 PSMD6-212ENST00000497323 717 ntTSL 515.05■□□□□ -04e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-201ENST00000366771 2206 ntTSL 212.27□□□□□ -0.444e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-204ENST00000392095 1908 ntTSL 2 BASIC9.97□□□□□ -0.814e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 PSMD6-207ENST00000478185 469 ntTSL 59.68□□□□□ -0.864e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-203ENST00000366773 2141 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.32□□□□□ -0.924e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-205ENST00000418781 1841 ntTSL 1 (best) BASIC7.6□□□□□ -1.194e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 POLR3E-213ENST00000565117 1549 ntTSL 27.6□□□□□ -1.194e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 ERMARD-202ENST00000366772 2003 ntTSL 5 BASIC6.86□□□□□ -1.314e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 RARS2-203ENST00000493269 346 ntTSL 25.62□□□□□ -1.514e-7■■■■■ 39
SF3B4Q15427 PUF60-219ENST00000532127 604 ntTSL 217.52■□□□□ 0.43e-9■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.562e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-202ENST00000357302 597 ntTSL 318.31■□□□□ 0.522e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-206ENST00000488198 1009 ntTSL 316.03■□□□□ 0.162e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.022e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-207ENST00000525659 551 ntTSL 414.64□□□□□ -0.072e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-208ENST00000526001 573 ntTSL 411.32□□□□□ -0.62e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CSF1-209ENST00000527192 577 ntTSL 46.82□□□□□ -1.322e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 CAPN1-223ENST00000533079 878 ntTSL 311.48□□□□□ -0.572e-8■■■■■ 39
SF3B4Q15427 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.171e-10■■■■■ 39
SF3B4Q15427 INPP5D-204ENST00000445964 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.561e-10■■■■■ 39
SF3B4Q15427 INPP5D-202ENST00000415617 3628 ntTSL 511.44□□□□□ -0.581e-10■■■■■ 39
SF3B4Q15427 INPP5D-213ENST00000493632 958 ntTSL 57.12□□□□□ -1.271e-10■■■■■ 39
SF3B4Q15427 INPP5D-208ENST00000472517 527 ntTSL 36.76□□□□□ -1.331e-10■■■■■ 39
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SF3B4Q15427 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CDK10-204ENST00000472018 2532 ntTSL 215.44■□□□□ 0.064e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CDK10-209ENST00000505733 1703 ntTSL 215.25■□□□□ 0.034e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CDK10-217ENST00000564192 897 ntTSL 511.46□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CDK10-201ENST00000331006 3344 ntTSL 2 BASIC11.32□□□□□ -0.64e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 PLEC-209ENST00000526416 583 ntTSL 315.28■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 TMEM94-229ENST00000583795 557 ntTSL 410.11□□□□□ -0.797e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-204ENST00000441260 1046 ntTSL 214.74□□□□□ -0.051e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-202ENST00000425816 1950 ntTSL 1 (best)13.85□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-210ENST00000533824 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-203ENST00000438567 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-201ENST00000236495 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.711e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 SLC5A9-206ENST00000493837 3769 ntTSL 29.2□□□□□ -0.941e-7■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-211ENST00000538504 822 ntTSL 220.87■□□□□ 0.934e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.874e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.594e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.584e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.264e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.234e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 KLC1-204ENST00000348520 15091 ntTSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.094e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 CCDC9-205ENST00000600117 580 ntTSL 216.85■□□□□ 0.295e-8■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 HBA1-204ENST00000487791 410 ntTSL 1 (best)20.88■□□□□ 0.936e-19■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.386e-19■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 HBA1-203ENST00000472694 674 ntTSL 1 (best)16.19■□□□□ 0.186e-19■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 HBA1-202ENST00000397797 504 ntTSL 2 BASIC9.07□□□□□ -0.966e-19■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.161e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.871e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 TJAP1-214ENST00000490050 942 ntTSL 1 (best)13.59□□□□□ -0.231e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 DDX39B-203ENST00000417023 561 ntTSL 511.66□□□□□ -0.541e-16■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 TJAP1-210ENST00000454762 3268 ntTSL 1 (best)10.08□□□□□ -0.81e-11■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.233e-17■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-201ENST00000238181 819 ntTSL 511.44□□□□□ -0.583e-17■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-208ENST00000416919 6097 ntTSL 5 BASIC11.2□□□□□ -0.623e-17■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-218ENST00000525789 559 ntTSL 410.91□□□□□ -0.661e-16■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-219ENST00000526589 6420 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.4□□□□□ -0.753e-17■■■■■ 38.9
SF3B4Q15427 LGALS8-206ENST00000366584 4369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.783e-17■■■■■ 38.9
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