Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COPB1P53618 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COPB1P53618 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COPB1P53618 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COPB1P53618 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
COPB1P53618 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COPB1P53618 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COPB1P53618 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COPB1P53618 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COPB1P53618 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 166.2 ms