Protein–RNA interactions for Protein: Q96P16

RPRD1A, Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 312 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPRD1AQ96P16 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
RPRD1AQ96P16 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
RPRD1AQ96P16 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.6 ms