Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HDDC3Q8N4P3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDDC3Q8N4P3 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms