Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL8A1P27658 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL8A1P27658 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL8A1P27658 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL8A1P27658 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL8A1P27658 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL8A1P27658 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL8A1P27658 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL8A1P27658 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL8A1P27658 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL8A1P27658 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL8A1P27658 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL8A1P27658 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL8A1P27658 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL8A1P27658 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.9 ms