Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
BRPF3Q9ULD4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
BRPF3Q9ULD4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms