Protein–RNA interactions for Protein: O15379

HDAC3, Histone deacetylase 3, humanhuman

Predictions only

Length 428 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC3O15379 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
HDAC3O15379 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDAC3O15379 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms