Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
CHMP3Q9Y3E7 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
CHMP3Q9Y3E7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CHMP3Q9Y3E7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms