Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRIM28Q13263 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRIM28Q13263 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRIM28Q13263 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRIM28Q13263 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
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