Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.443e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.263e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 LSS-210ENST00000491729 2143 ntTSL 215.85■□□□□ 0.133e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 LSS-201ENST00000356396 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.113e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 LSS-203ENST00000419093 517 ntTSL 314.01□□□□□ -0.173e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 LSS-208ENST00000474319 3601 ntTSL 211.53□□□□□ -0.563e-17■■■■■ 38.2
UPF1Q92900 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.485e-10■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.295e-10■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 AC007040.2-202ENST00000453130 423 ntTSL 312.58□□□□□ -0.45e-10■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 TEX261-205ENST00000478068 3579 ntTSL 29.31□□□□□ -0.925e-10■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.582e-11■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 HTT-208ENST00000510626 14438 ntTSL 1 (best)8.04□□□□□ -1.122e-8■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 HTT-201ENST00000355072 13474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.85□□□□□ -1.152e-8■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 SCAMP2-203ENST00000563663 1787 ntTSL 519.9■□□□□ 0.781e-9■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -01e-9■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 SCAMP2-207ENST00000566480 2476 ntTSL 514.4□□□□□ -0.11e-9■■■■■ 38.1
UPF1Q92900 TRIM56-204ENST00000487252 735 ntTSL 319.78■□□□□ 0.761e-10■■■■■ 38
UPF1Q92900 ESRRA-207ENST00000545035 677 ntTSL 228.94■■■□□ 2.223e-10■■■■■ 38
UPF1Q92900 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.981e-9■■■■■ 38
UPF1Q92900 TNFAIP8L1-202ENST00000536716 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.173e-10■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 TNFAIP8L1-201ENST00000327473 3814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.173e-10■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.675e-9■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 TIMM50-206ENST00000595961 2576 ntTSL 214.05□□□□□ -0.164e-9■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 TWNK-201ENST00000311916 3131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.377e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 TWNK-202ENST00000370228 3175 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.387e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 SPECC1L-ADORA2A-201ENST00000358654 6204 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.01□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 SPECC1L-204ENST00000437398 6674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 SPECC1L-201ENST00000314328 6756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 MCM2-209ENST00000491422 2844 ntTSL 513.36□□□□□ -0.271e-8■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 ZDHHC9-201ENST00000357166 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.52e-8■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.772e-8■■■■■ 37.9
UPF1Q92900 CPT1A-202ENST00000376618 2635 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.086e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 CPT1A-206ENST00000540367 2496 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.546e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 CPT1A-201ENST00000265641 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.756e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 FAM213B-212ENST00000484099 2577 ntTSL 219.8■□□□□ 0.762e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.148e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.178e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 TNS1-209ENST00000446688 4292 ntTSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.813e-8■■■■■ 37.8
UPF1Q92900 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.745e-7■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.195e-7■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 NMT1-205ENST00000587120 573 ntTSL 520■□□□□ 0.793e-8■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 NMT1-213ENST00000592782 4999 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.55□□□□□ -0.43e-8■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 NMT1-201ENST00000258960 4879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.673e-8■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 EHD4-201ENST00000220325 6416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.133e-9■■■■■ 37.7
UPF1Q92900 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.721e-14■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.451e-14■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.017e-11■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 NUTF2-208ENST00000587481 2608 nt13.45□□□□□ -0.267e-11■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 NDE1-201ENST00000396354 3221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.754e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 NDE1-202ENST00000396355 3936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.27□□□□□ -0.774e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 AP3S2-202ENST00000423566 1262 ntTSL 212.9□□□□□ -0.341e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.523e-13■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 RRN3-201ENST00000198767 3762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.913e-13■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.636e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.023e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 PLXNB1-218ENST00000485535 3264 ntTSL 213.52□□□□□ -0.243e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 PLXNB1-201ENST00000296440 7143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.293e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.012e-10■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.082e-10■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 CHD4-211ENST00000544484 6554 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.362e-10■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 CSRP1-207ENST00000526256 582 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.123e-7■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.845e-8■■■■■ 37.6
UPF1Q92900 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.761e-6■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 SLC25A39-217ENST00000593166 797 ntTSL 320.66■□□□□ 0.91e-6■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 TMEM97-204ENST00000582384 1075 ntTSL 317.91■□□□□ 0.461e-7■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 CNNM3-203ENST00000465224 2607 ntTSL 1 (best)10.52□□□□□ -0.736e-9■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 STEAP3-203ENST00000393110 4262 ntTSL 1 (best) BASIC10.82□□□□□ -0.687e-7■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 STEAP3-201ENST00000393106 3915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.837e-7■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.693e-7■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.543e-7■■■■■ 37.5
UPF1Q92900 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.426e-8■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.286e-8■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.136e-8■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 XRCC3-202ENST00000553264 3018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.316e-8■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 XRCC3-208ENST00000554811 3668 ntTSL 211.7□□□□□ -0.546e-8■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.87■■■■□ 3.815e-9■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.355e-9■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 MAP4-207ENST00000426837 8920 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.4□□□□□ -0.97e-13■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ADGRD1-204ENST00000446583 5529 ntTSL 514.08□□□□□ -0.154e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ADGRD1-201ENST00000261654 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.324e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ADGRD1-202ENST00000335486 2892 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.334e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ADGRD1-203ENST00000376682 4135 ntTSL 212.17□□□□□ -0.464e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC35.97■■■■□ 3.352e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 CYHR1-206ENST00000526887 1012 ntTSL 324.8■■□□□ 1.562e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 CYHR1-208ENST00000528663 5821 ntTSL 1 (best)15.09■□□□□ 0.012e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 CYHR1-211ENST00000533173 6158 ntTSL 1 (best)14.17□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 PDPK1-216ENST00000569721 330 ntTSL 528.65■■■□□ 2.181e-10■■■■■ 37.4
UPF1Q92900 ATP2A3-214ENST00000574999 776 ntTSL 319.16■□□□□ 0.663e-12■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 MDH2-204ENST00000443006 2020 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.073e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 MDH2-201ENST00000315758 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.493e-7■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 GANAB-202ENST00000356638 3608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.666e-26■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.73e-11■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-217ENST00000540626 2276 ntTSL 215.02□□□□□ -0.015e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-233ENST00000616538 6998 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.325e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-234ENST00000620566 7012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.335e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-205ENST00000393695 7343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.45e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-220ENST00000541584 3557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)12.03□□□□□ -0.485e-9■■■■■ 37.3
UPF1Q92900 NUMA1-202ENST00000358965 7227 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.11□□□□□ -0.635e-9■■■■■ 37.3
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