RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563559.5

RRN3-205, Transcript of RRN3 homolog, RNA polymerase I transcription factor, human

TSL 5 BASIC

Gene RRN3, Length 2,128 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RRN3-205	ENST00000563559	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		38.39	■■■■□ 3.74
RRN3-205	ENST00000563559	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		32.8	■■■□□ 2.84
RRN3-205	ENST00000563559	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
RRN3-205	ENST00000563559	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		32.36	■■■□□ 2.77
RRN3-205	ENST00000563559	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
RRN3-205	ENST00000563559	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		31.68	■■■□□ 2.66
RRN3-205	ENST00000563559	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		31.54	■■■□□ 2.64
RRN3-205	ENST00000563559	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31	■■■□□ 2.55
RRN3-205	ENST00000563559	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		30.83	■■■□□ 2.53
RRN3-205	ENST00000563559	ABCC9	O60706	1549 aa		30.64	■■■□□ 2.5
RRN3-205	ENST00000563559	SCRIB	Q14160	1630 aa		30.47	■■■□□ 2.47
RRN3-205	ENST00000563559	NACAD	O15069	1562 aa		30.32	■■■□□ 2.44
RRN3-205	ENST00000563559	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	30.3	■■■□□ 2.44
RRN3-205	ENST00000563559	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		30.06	■■■□□ 2.4
RRN3-205	ENST00000563559	HRC	P23327	699 aa		30.01	■■■□□ 2.39
RRN3-205	ENST00000563559	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		29.92	■■■□□ 2.38
RRN3-205	ENST00000563559	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		29.9	■■■□□ 2.38
RRN3-205	ENST00000563559	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		29.78	■■■□□ 2.36
RRN3-205	ENST00000563559	TRIM41	Q8WV44	630 aa		29.76	■■■□□ 2.35
RRN3-205	ENST00000563559	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		29.74	■■■□□ 2.35
RRN3-205	ENST00000563559	WIZ	O95785	1651 aa		29.56	■■■□□ 2.32
RRN3-205	ENST00000563559	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	29.54	■■■□□ 2.32
RRN3-205	ENST00000563559	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	29.54	■■■□□ 2.32
RRN3-205	ENST00000563559	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	29.3	■■■□□ 2.28
RRN3-205	ENST00000563559	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	29.24	■■■□□ 2.27
RRN3-205	ENST00000563559	SMARCA4	P51532	1647 aa		29.24	■■■□□ 2.27
RRN3-205	ENST00000563559	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	29.24	■■■□□ 2.27
RRN3-205	ENST00000563559	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		29.22	■■■□□ 2.27
RRN3-205	ENST00000563559	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	29.12	■■■□□ 2.25
RRN3-205	ENST00000563559	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		29.03	■■■□□ 2.24
RRN3-205	ENST00000563559	SMARCA2	P51531	1590 aa		29.02	■■■□□ 2.24
RRN3-205	ENST00000563559	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	29.02	■■■□□ 2.24
RRN3-205	ENST00000563559	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		28.88	■■■□□ 2.21
RRN3-205	ENST00000563559	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		28.86	■■■□□ 2.21
RRN3-205	ENST00000563559	ABCC8	Q09428	1581 aa		28.83	■■■□□ 2.21
RRN3-205	ENST00000563559	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		28.79	■■■□□ 2.2
RRN3-205	ENST00000563559	EEA1	Q15075	1411 aa		28.72	■■■□□ 2.19
RRN3-205	ENST00000563559	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	28.7	■■■□□ 2.19
RRN3-205	ENST00000563559	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	28.59	■■■□□ 2.17
RRN3-205	ENST00000563559	SOGA1	O94964	1423 aa		28.57	■■■□□ 2.16
RRN3-205	ENST00000563559	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		28.56	■■■□□ 2.16
RRN3-205	ENST00000563559	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		28.52	■■■□□ 2.16
RRN3-205	ENST00000563559	CEP162	Q5TB80	1403 aa		28.51	■■■□□ 2.15
RRN3-205	ENST00000563559	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		28.48	■■■□□ 2.15
RRN3-205	ENST00000563559	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	28.41	■■■□□ 2.14
RRN3-205	ENST00000563559	GOLGA3	Q08378	1498 aa		28.4	■■■□□ 2.14
RRN3-205	ENST00000563559	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		28.37	■■■□□ 2.13
RRN3-205	ENST00000563559	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	28.33	■■■□□ 2.13
RRN3-205	ENST00000563559	SYNJ1	O43426	1573 aa		28.29	■■■□□ 2.12
RRN3-205	ENST00000563559	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		28.27	■■■□□ 2.12
RRN3-205	ENST00000563559	KIF21B	O75037	1637 aa		28.24	■■■□□ 2.11
RRN3-205	ENST00000563559	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	28.21	■■■□□ 2.11
RRN3-205	ENST00000563559	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	28.16	■■■□□ 2.1
RRN3-205	ENST00000563559	TOP2B	Q02880	1626 aa		28.07	■■■□□ 2.08
RRN3-205	ENST00000563559	HMGXB3	Q12766	1538 aa		28.04	■■■□□ 2.08
RRN3-205	ENST00000563559	CLIP1	P30622	1438 aa		28.02	■■■□□ 2.08
RRN3-205	ENST00000563559	NCAPD3	P42695	1498 aa		28.01	■■■□□ 2.07
RRN3-205	ENST00000563559	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
RRN3-205	ENST00000563559	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		27.98	■■■□□ 2.07
RRN3-205	ENST00000563559	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		27.93	■■■□□ 2.06
RRN3-205	ENST00000563559	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		27.92	■■■□□ 2.06
RRN3-205	ENST00000563559	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		27.83	■■■□□ 2.05
RRN3-205	ENST00000563559	APLP2	Q06481	763 aa		27.8	■■■□□ 2.04
RRN3-205	ENST00000563559	PRX	Q9BXM0	1461 aa		27.76	■■■□□ 2.03
RRN3-205	ENST00000563559	CFTR	P13569	1480 aa		27.75	■■■□□ 2.03
RRN3-205	ENST00000563559	CUX1	P39880	1505 aa		27.72	■■■□□ 2.03
RRN3-205	ENST00000563559	KIF27	Q86VH2	1401 aa		27.67	■■■□□ 2.02
RRN3-205	ENST00000563559	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	27.64	■■■□□ 2.01
RRN3-205	ENST00000563559	PRDM2	Q13029	1718 aa		27.59	■■■□□ 2.01
RRN3-205	ENST00000563559	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
RRN3-205	ENST00000563559	ARAP1	Q96P48	1450 aa		27.53	■■■□□ 2
RRN3-205	ENST00000563559	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
RRN3-205	ENST00000563559	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
RRN3-205	ENST00000563559	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	27.48	■■□□□ 1.99
RRN3-205	ENST00000563559	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		27.42	■■□□□ 1.98
RRN3-205	ENST00000563559	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	27.38	■■□□□ 1.97
RRN3-205	ENST00000563559	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		27.36	■■□□□ 1.97
RRN3-205	ENST00000563559	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	27.36	■■□□□ 1.97
RRN3-205	ENST00000563559	CUX2	O14529	1486 aa		27.32	■■□□□ 1.96
RRN3-205	ENST00000563559	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		27.32	■■□□□ 1.96
RRN3-205	ENST00000563559	IGF1R	P08069	1367 aa		27.31	■■□□□ 1.96
RRN3-205	ENST00000563559	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	27.29	■■□□□ 1.96
RRN3-205	ENST00000563559	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	27.28	■■□□□ 1.96
RRN3-205	ENST00000563559	NEUROD1	Q13562	356 aa		27.23	■■□□□ 1.95
RRN3-205	ENST00000563559	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		27.23	■■□□□ 1.95
RRN3-205	ENST00000563559	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		27.21	■■□□□ 1.95
RRN3-205	ENST00000563559	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		27.2	■■□□□ 1.94
RRN3-205	ENST00000563559	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	27.19	■■□□□ 1.94
RRN3-205	ENST00000563559	MAP3K1	Q13233	1512 aa		27.18	■■□□□ 1.94
RRN3-205	ENST00000563559	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	27.16	■■□□□ 1.94
RRN3-205	ENST00000563559	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		27.15	■■□□□ 1.94
RRN3-205	ENST00000563559	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		27.13	■■□□□ 1.93
RRN3-205	ENST00000563559	TIAM1	Q13009	1591 aa		27.06	■■□□□ 1.92
RRN3-205	ENST00000563559	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		27.06	■■□□□ 1.92
RRN3-205	ENST00000563559	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		27.04	■■□□□ 1.92
RRN3-205	ENST00000563559	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		27	■■□□□ 1.91
RRN3-205	ENST00000563559	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		26.98	■■□□□ 1.91
RRN3-205	ENST00000563559	MIER1	Q8N108	512 aa		26.97	■■□□□ 1.91
RRN3-205	ENST00000563559	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		26.96	■■□□□ 1.91
RRN3-205	ENST00000563559	TOPBP1	Q92547	1522 aa		26.95	■■□□□ 1.9

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