Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PKNOX1P55347 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PKNOX1P55347 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
PKNOX1P55347 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PKNOX1P55347 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 129.3 ms