Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VPS9D1Q9Y2B5 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
VPS9D1Q9Y2B5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
VPS9D1Q9Y2B5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.9 ms