Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHD3Q12873 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD3Q12873 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD3Q12873 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHD3Q12873 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CHD3Q12873 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CHD3Q12873 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHD3Q12873 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD3Q12873 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD3Q12873 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CHD3Q12873 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CHD3Q12873 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CHD3Q12873 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD3Q12873 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CHD3Q12873 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CHD3Q12873 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHD3Q12873 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHD3Q12873 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHD3Q12873 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CHD3Q12873 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CHD3Q12873 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHD3Q12873 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD3Q12873 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CHD3Q12873 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CHD3Q12873 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
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