Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL4A4P53420 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
COL4A4P53420 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.58■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL4A4P53420 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL4A4P53420 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1368 ms