Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CHMP3Q9Y3E7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
CHMP3Q9Y3E7 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
CHMP3Q9Y3E7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.5 ms