Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PKNOX1P55347 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PKNOX1P55347 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms