Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL4A4P53420 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL4A4P53420 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A4P53420 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A4P53420 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms