Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHMT2P34897 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHMT2P34897 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.9 ms