Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDHB3Q9Y5E6 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDHB3Q9Y5E6 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.7 ms