Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms