Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHRNEQ04844 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHRNEQ04844 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHRNEQ04844 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.9 ms