Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CPSF3Q9UKF6 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CPSF3Q9UKF6 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CPSF3Q9UKF6 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CPSF3Q9UKF6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms