Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH1Q08174 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH1Q08174 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCDH1Q08174 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCDH1Q08174 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms