Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
USP3Q9Y6I4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP3Q9Y6I4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP3Q9Y6I4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 289.2 ms