Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC39Q9UFE4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC39Q9UFE4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC39Q9UFE4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms