Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.65■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
PCIF1Q9H4Z3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
PCIF1Q9H4Z3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
PCIF1Q9H4Z3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.6 ms