Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SYNE3Q6ZMZ3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SYNE3Q6ZMZ3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms