Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC54Q8NEL0 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CCDC54Q8NEL0 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 116.1 ms