Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
RTL3Q8N8U3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
RTL3Q8N8U3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
RTL3Q8N8U3 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms