Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TRIM28Q13263 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRIM28Q13263 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM28Q13263 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC30.86■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.82■■■□□ 2.53
TRIM28Q13263 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRIM28Q13263 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
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