Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HDAC4P56524 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HDAC4P56524 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms