Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXD4P09016 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXD4P09016 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms