Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC31.88■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC31.87■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CCDC87Q9NVE4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC31.82■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC87Q9NVE4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CCDC87Q9NVE4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC31.7■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC87Q9NVE4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC87Q9NVE4 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.62■■■□□ 2.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms