Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CCDC42Q96M95 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC42Q96M95 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC42Q96M95 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC42Q96M95 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms