Protein–RNA interactions for Protein: Q6A163

KRT39, Keratin, type I cytoskeletal 39, humanhuman

Predictions only

Length 491 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT39Q6A163 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
KRT39Q6A163 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
KRT39Q6A163 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
KRT39Q6A163 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
KRT39Q6A163 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms