Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A1P12109 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A1P12109 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
COL6A1P12109 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL6A1P12109 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
COL6A1P12109 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms