Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SEMA3DO95025 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SEMA3DO95025 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SEMA3DO95025 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SEMA3DO95025 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 171.1 ms