Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.96■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC35.95■■■■□ 3.35
NPHP4O75161 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC35.93■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC35.93■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC35.91■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.9■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC35.89■■■■□ 3.34
NPHP4O75161 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC35.84■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
NPHP4O75161 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC35.81■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC35.8■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC35.77■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.77■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
NPHP4O75161 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC35.73■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.7■■■■□ 3.31
NPHP4O75161 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC35.68■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
NPHP4O75161 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.61■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
NPHP4O75161 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms