Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS29Q9UBQ0 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS29Q9UBQ0 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS29Q9UBQ0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS29Q9UBQ0 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms