Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TRERF1Q96PN7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.2
TRERF1Q96PN7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
TRERF1Q96PN7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
TRERF1Q96PN7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
TRERF1Q96PN7 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120.5 ms