Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF3Q68DE3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF3Q68DE3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USF3Q68DE3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USF3Q68DE3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.33■■□□□ 1
USF3Q68DE3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USF3Q68DE3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USF3Q68DE3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USF3Q68DE3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USF3Q68DE3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USF3Q68DE3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USF3Q68DE3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USF3Q68DE3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF3Q68DE3 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USF3Q68DE3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms