Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL4A3Q01955 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
COL4A3Q01955 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL4A3Q01955 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL4A3Q01955 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms