Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HMGA1P17096 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HMGA1P17096 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
HMGA1P17096 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
HMGA1P17096 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms