Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CPSF3Q9UKF6 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CPSF3Q9UKF6 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CPSF3Q9UKF6 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
CPSF3Q9UKF6 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
CPSF3Q9UKF6 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms