Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC28BQ9BUN5 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC28BQ9BUN5 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC28BQ9BUN5 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC28BQ9BUN5 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms