Protein–RNA interactions for Protein: Q96S90

LYSMD1, LysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 227 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LYSMD1Q96S90 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LYSMD1Q96S90 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LYSMD1Q96S90 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LYSMD1Q96S90 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LYSMD1Q96S90 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LYSMD1Q96S90 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LYSMD1Q96S90 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LYSMD1Q96S90 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LYSMD1Q96S90 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms