Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SYNE3Q6ZMZ3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
SYNE3Q6ZMZ3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SYNE3Q6ZMZ3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE3Q6ZMZ3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.5 ms