Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXD9P28356 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
HOXD9P28356 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HOXD9P28356 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HOXD9P28356 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms