RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000463041.1

PTPRF-210, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 298 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-210	ENST00000463041	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.31	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	ABCC5	O15440	1437 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	PZP	P20742	1482 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	TNR	Q92752	1358 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.6
PTPRF-210	ENST00000463041	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	KIF15	Q9NS87	1388 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	PLA2R1	Q13018	1463 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	DAPK1	P53355	1430 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	NLRP1	Q9C000	1473 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ABCC3	O15438	1527 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	KANK1	Q14678	1352 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PTPRF-210	ENST00000463041	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	CEP152	O94986	1710 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	ERVK-7	P63135	1459 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	ADGRL2	O95490	1459 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	DEPDC5	O75140	1603 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	MED14	O60244	1454 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PTPRF-210	ENST00000463041	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	IDI1	Q13907	227 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	ROCK1	Q13464	1354 aa		11.14	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	EID1	Q9Y6B2	187 aa		11.13	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	LTK	P29376	864 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	ITGAE	P38570	1179 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	TOM1	O60784	492 aa		11.1	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	NOS1	P29475	1434 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	CPS1	P31327	1500 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	SLIT1	O75093	1534 aa		11.09	□□□□□ -0.63
PTPRF-210	ENST00000463041	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	IQGAP1	P46940	1657 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		11.08	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	PIK3C2B	O00750	1634 aa		11.07	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	NUP155	O75694	1391 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	TET3	O43151	1660 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	SYNM	O15061	1565 aa		11.05	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		11.04	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	UNC13B	O14795	1591 aa		11.04	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
PTPRF-210	ENST00000463041	KCNA6	P17658	529 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	PIP4K2B	P78356	416 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	11.02	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	BCAN	Q96GW7	911 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		11.02	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		11.01	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		11.01	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		11.01	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		11	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041	ADGRB3	O60242	1522 aa		11	□□□□□ -0.65
PTPRF-210	ENST00000463041		E9PCH4	1651 aa		11	□□□□□ -0.65

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